Логотип символизирует "харач" - отверстие в вверху кибитки (традиционного жилища калмыков), выполняющего две функции: служило дымоходом для выхода дыма от очага и пропускало свет в помещение.
Пересечение шести линий соотносится количеством стран и цветами их флагов России, Монголии, Казахстана, Китая и Киргизии. Объединение вузов нацелено на исследования тюрко-монгольских цивилизационных контактов.